Martínez de Irala había nacido en la Villa de Vergara, Guipúzcoa, en 1509, hijo de un escribano. Se alistó en la expedición de Pedro de Mendoza en 1535, probablemente después de una actuación militar en la Península. Su personalidad de jefe se desarrolló en el curso de los sucesos que llevaron a su designación por el veedor Cabrera como gobernador del Río de la Plata.
En noviembre de 1539, Salazar emprendió exploraciones para dar con Ayolas y lo único que llegó a saber es que había sido muerto con todos sus compañeros. Hizo un recorrido por el Chaco que duró 18 días y dio nueva prueba de la resistencia física de sus hombres, pues andu-vieron la mayor parte del tiempo con el agua hasta la cintura. Comprobada así la muerte de Ayolas, Martínez de Irala comenzó a pensar en el consejo que le había dado Alonso de Cabrera en el sentido de despoblar Buenos Aires para concentrar a la gente en Asunción y tenerla más cerca de la Sierra de la Plata y al mismo tiempo anular las pretensiones de su rival Ruiz Galán.
Juan Ortega fue encargado de despoblar la ciudad fundada por Mendoza y al efecto partió de Asunción en dos bergantines en julio de 1540. Los pobladores resistieron el cumplimiento de la orden de Martínez de Irala, y éste, como Ortega no diese seriales de vida, envió al teniente Garci Venegas y al veedor Cabrera en enero de 1541 con tres bergantines para cumplimentar la decisión tomada.
Cabrera hizo un requerimiento a Martínez de Irala para que reuniese los 350 conquistadores que quedaban en Buenos Aires en la nueva base de Asunción a fin de estar más cerca de la Sierra de la Plata.
Domingo Martínez de Irala
El gobernador de Asunción ordenó entonces a los pobladores que estuviesen listos para partir el 10 de mayo; pero no se hizo el embarque esa fecha, pues los indios hicieron saber a los conquistadores que habían llegado a las costas del Brasil unas naves y Martínez de Irala resolvió esperar algunas semanas por si dichas naves aparecían en Buenos Aires.
Se trataba de la armada de Alvar Núñez Cabeza de Vaca, que llegó en marzo de 1541 a Santa Catalina. Allí se enteró Alvar Núñez por nueve hombres que habían huido de los malos tratos que aplicaba Juan Ortega a los españoles para que despoblaran la ciudad de Buenos Aires.
Al saber Alvar Núñez de la existencia de una ciudad en el Río de la Plata, resolvió hacer el viaje por tierra hasta Asunción, cruzando las selvas brasileñas, y envió a su primo Pedro Estopirián Cabeza de Vaca con las naves de la armada a Buenos Aires.
Martínez de Irala no esperó más la armada anunciada por los indios y a fines de junio mandó quemar la nave enclavada en tierra y que servía de fuerte, la iglesia y las casas de madera. Se vendieron públicamente las mercaderías de León Pancaldo que habían sido secuestradas y los pobladores vieron arder la ciudad; de Francisco Ruiz Galán no se volvió a tener noticias.
Antes de partir rumbo a Asunción, Martínez de Irala dejó en la entrada del puerto, donde había estado el pueblo, un mástil bien visible con una inscripción que decía que había allí una carta; en la carta dejó instrucciones para los navegantes que llegasen a aquel puerto y sobre el camino hacia Asunción, recordándoles que en la isla de San Gabriel había dejado algunas provisiones.
Así quedó despoblado, incendiado y destruido Buenos Aires. Sus 350 pobladores se concentraron en Asunción y contribuyeron a convertir el fuerte de Juan de Salazar en una ciudad importante en la que abundaban las mujeres indias. La vida de delicias y de amistad con los indios canos vecinos, buenos agricultores, convirtieron por muchos años a Asunción en lo que se llamó "paraíso de Mahoma".