Una de las primeras medidas de Cámpora fue pasar a retiro a los principales jefes militares de la dictadura y designar en su lugar militares que aceptaran la subordinación de las Fuerzas Armadas a las autoridades constitucionales.
En el Ejército Argentino fue designado comandante el Teniente General Jorge Raúl Carcagno, en la Fuerza Aérea Argentina fue nombrado como titular el Brigadier General Héctor Luis Fautario, mientras que el Almirante Carlos Álvarez fue designado como nuevo jefe de la Armada de la República Argentina.
Los tres jefes militares pertenecían al sector "profesionalista integracionista" de las Fuerzas Armadas, que sostenía que los militares debían supeditarse siempre al poder civil democrático.
Durante el gobierno de Cámpora, las organizaciones guerrilleras peronistas decidieron suspender la lucha armada y emprendieron una política de diálogo con las Fuerzas Armadas que se expresó, a su propuesta, en la designación del general Carcagno, como comandante en jefe del Ejército, abandonando la Doctrina de la Seguridad Nacional, que identificaba como enemigo al marxismo.
Esta política de acercamiento tuvo su máxima expresión en el Operativo Dorrego realizado en octubre de ese año, en el que guerrilleros Montoneros y militares al mando del general Albano Harguindeguy, junto a militantes de la Juventud Peronista, actuaron mancomunadamente para reconstruir la localidad bonaerense de Coronel Dorrego, afectada por las inundaciones y asistir solidariamente a su población. Militares, guerrilleros y jóvenes compartieron los fogones nocturnos y marcharon juntos por la ciudad, al concluir el operativo.
Hasta diciembre de 1973 Montoneros y las Fuerzas Armadas mantendrían un diálogo fluido a través de los coroneles Jaime Cesio y Carlos Dalla Tea, que se vería interrumpido cuando Perón, ya presidente, removió a Carcagno.
El teniente coronel Jorge Carcagno era comandante del V Cuerpo de Ejército cuando en mayo de 1973, el presidente Cámpora lo nombró comandante general del Ejército, puesto que dejó obligado por Perón al asumir la presidencia por tercera vez, a fin de reforzar la autoridad de éste ante el Ejército. Fue pasado a retiro por Juan Domingo Perón el 19 de diciembre de 1973, siendo sustituido por Leandro Anaya