Cumpliendo lo pactado, las tropas porteñas comenzaron a abandonar el sitio el 14 de octubre, evacuaron el suelo oriental en diciembre de 1811 y regresaron a Buenos Aires, mientras que otras fuerzas cruzaron el río Uruguay, acampando en Entre Ríos. Artigas y otros caudillos que reconocían la autoridad del Triunvirato no aceptaron en principio el acuerdo, pero también se retiraron cruzando el río Negro entre el 11 y el 13 de noviembre de 1811, siendo seguidos por gran parte de la población, que no quería quedarse a vivir bajo dominación realista o portuguesa. Este hecho se conoce como Éxodo oriental.
Finalmente, el 12 de octubre comenzó a levantarse el sitio a Montevideo y el ejército y el pueblo que lo seguía se retiraron hasta el río San José, en donde establecieron campamento en el Paso de la Arena. El 20 de octubre de 1811 se firmó en Montevideo el Tratado de pacificación entre la Junta de Buenos Aires y el virrey Elío. Al día siguiente fue ratificado por el virrey, y el 24 de octubre por el triunvirato, que ofició a Rondeau la retirada inmediata del ejército.
Tal era su situación cuando el Excmo. Poder Ejecutivo me anunció una comisión que pocos días después me fue manifestada y consistió en constituirme jefe principal de estos héroes, fijando mi residencia en el departamento de Yapeyú; y en consecuencia se me ha dejado el cuerpo veteranos de Blandengues de mi mando, 8 piezas de artillería con 3 oficiales distinguidos y un repuesto de municiones.Fragmento de la carta de Artigas al Paraguay, 7 de diciembre de 1811.
Según lo establecido en el armisticio, los Orientales que se quedaran en el territorio no serían juzgados por las acciones revolucionarias. Sin embargo, estos decidieron marchar con el ejército que debía salir de la Banda Oriental.
El 23 de octubre se conoció la noticia en el campamento de San José de la firma del tratado y su ratificación por Elío, por lo que tuvo lugar allí una reunión o asamblea espontánea de los orientales que se habían hallado incorporados al sitio. En medio del dolor y la desazón, todos proclamaron entonces la voluntad de no abandonar las armas contra los invasores portugueses, obedecer el armisticio, emigrar hacia un territorio no controlado por Elío y reiniciar la lucha cuando fuese posible.
* Protestaron que jamás protestaran la necesaria expresión de su voluntad para sancionar los (artículos) que el gobierno auxiliador había ratificado.
• (...) la protesta de no dejar las armas de la mano hasta no haya evacuado el país (el invasor portugués) y pueden ellos gozar una libertad por la que vieron derramar la sangre de sus hijos, recibiendo con valor su postrer aliento.
• Determinaron gustosos dejar los pocos intereses que les restan a su país, y trasladándose con sus familias a cualquier punto donde puedan ser libres a pesar de trabajos, miserias y toda clase de males.
Obra del pintor uruguayo Guilermo C. Rodríguez "El Éxodo del Pueblo Oriental". Óleo sobre tela de 7m x 3m ubicada en la Dirección Nacional de Correos
El 27 de octubre José Artigas recibió la comunicación de que el gobierno lo nombraba teniente gobernador, justicia mayor y capitán de guerra del departamento de Yapeyú en las Misiones —tenencia de gobierno que sería creada el 11 de noviembre—, e inició ese mismo día con el pueblo y los milicianos orientales el viaje en dirección a Santo Tomé, lugar que se le había fijado como residencia.
El 29 de octubre de 1811 desde el campamento del arroyo de Monzón Artigas se dirigió al gobierno:
(...) Pasé a esta Banda Oriental de Segundo Jefe de la tropa con que se dignó auxiliar a mis compaisanos: llegaron los últimos acontecimientos y más de setecientas familias han fijado su protección en mí; el grito de ellas, de los ciudadanos, de la campaña, todo empeña mi sensibilidad y aún mi honor cuando me hacen causa de su laudable compromiso y de sus pérdidas remarcables; me hacen conocer que abandonar esta Banda envuelve algo más que su lamentable desgracia y yo, mediante la determinación de usted, hallo necesario corresponder a sus deseos, el oficio que me dirige usted, con fecha 23 del corriente me anuncia una comisión de que seré sustituido por el señor diputado doctor don Julián Pérez, orientado de ella avisaré mi resolución a usted, sin que se halle en lo más mínimo algo incompatible con mi subordinación y con la gran causa que sostenemos. (...)
El mismo día escribió el general Rondeau al Triunvirato:
Creo mi deber manifestar a usted el estado de desolación en que queda esta campaña y la consternación que causa ver toda ella hecha un desierto. Me aseguran que pueblos de numeroso vecindario se abandonan sin quedar en ellos un solo hombre. De todos puntos de la campaña se repliegan familias al Ejército sin que basten persuasiones a contenerlas en sus casas. (...)
El 31 de octubre en el campamento del arroyo de Monzón el ejército nacional al mando de Rondeau se separó de los milicianos y el pueblo oriental comandados por Artigas y se dirigió al puerto del Sauce, entrando en Buenos Aires el 1 de diciembre había terminado la Campaña a la Banda Oriental.