Con la única excepción de Marcos Juárez, hermano del presidente depuesto en 1890 y gobernador de Córdoba, que se vio obligado a alejarse de su cargo a los pocos días de la renuncia del primer mandatario, los gobiernos provinciales subsistían más o menos con el signo político bajo el cual habían sido electos.
En general habían adherido a la política del acuerdo, aceptado luego la candidatura de Luis Sáenz Peña como una manera de sobrevivir, y ahora se disponían a defender sus cuestionadas legitimidades.
En noviembre de 1892 las cosas comenzaron a ponerse tensas, en Santiago del Estero fue derrocado Absalón Rojas, uno de los gobernadores netamente roquistas, luego los mitristas lograron la caída del gobierno de Corrientes.
Cada uno de estos episodios repercutía en el orden nacional, dentro del cual todos intentaban sacar partido de los cambios.
En la cuarta crisis de su gabinete, el presidente adoptó una decisión casi desesperada: convocó a Aristóbulo del Valle, que sugería desarticular los poderes locales y crear condiciones que permitieran a los pueblos manifestarse libremente.
El 5 de julio de 1893 Aristóbulo del Valle asumió las carteras del Interior y de Guerra.
La respuesta de los radicales no se hizo esperar: de inmediato se desencadenaron los estallidos prometidos. Primero en San Luis, donde Teófilo Saá derrocó al gobierno local. Al día siguiente, en Santa Fe: después de una dura lucha, en la que participan a favor de los insurrectos los colonos suizos de Esperanza, se instala un gobierno presidido por Mariano Candioti.
Ante su debilidad polítca Luis Saenz Peña puso en los ministerios gente del Roquismo, del Mitrismo y del radicalismo de Alem . Aristóbulo del Valle era co fundador de la UCR y fue nombrado en el estratégico Ministerio de Guerra y Marina en Julio de 1892.
Desde el ministerio Aristóbulo del Valle junto con Hipólito Yrigoyen comienzan a organizar la revolución a espaldas de Alem, ya que a diferencia de éste, ellos creían que la forma de democratizar el sistema no era derrocar al gobierno (como se había intentado en 1890) sino mediante insurrecciones provinciales, que llevaran a la intervención de las provincias y la realización de elecciones libres. De esta forma se preservaba la legalidad constitucional.
El 31 de julio casi todas las comunas bonaerenses son tomadas por los radicales en un asombroso alarde de organización: en algunos puntos sin lucha, en otros tras combatir con las policías locales o adelantándose a los mitristas, que habían adoptado la misma actitud revolucionaria.
Solamente en una semana, Buenos Aires, Santa Fe y San Luis habían reaccionado, cambiando el tono de la crisis, ante la neutralidad del gobierno nacional.
Hay que imaginarse la atmósfera que vivía el país, con el espectáculo de esos ejércitos civiles que tomaban el poder en pueblos y ciudades enarbolando la bandera radical —roja y blanca—, designaban autoridades en fervorosas asambleas y creían tocar, de un momento a otro, el ansiado milenio que Alem había predicado con su oratoria apocalíptica.
Todo tenía un aire de fiesta cívica: en Santa Fe, Gabino Ezeiza cantaba décimas sobre Alem y la revolución; en Buenos Aires, el payaso Frank Brown repartía chocolates a los milicianos de la boina blanca...
En su tarea como ministro, Aristóbulo del Valle reconoció a los gobiernos surgidos de estas revoluciones, y con ello favoreció movimientos similares en el resto de las provincias.
Pero los hombres del régimen no podían tolerar tanta audacia ya que en un principio habían aceptado a Aristóbulo del Valle como la posibilidad de un entendimiento con los insurrectos y ahora veían arrasado el principio de autoridad y contemplaban, aterrados, la caída de los bastiones de su poder. ¡Como ensayo, ya estaba bien!
En Lomas de Zamora y Temperley, Marcelo T. de Alvear, Fernando Saguier y Felipe Senillosa constituían un comando revolucionario.Los radicales, bajo la dirección de Marcelo T. de Alvear, se apoderaron de las estaciones ferroviarias de Temperley y Lomas de Zamora e instalaron cantones en las casas inmediatas, haciendo huir a las fuerzas policiales del gobierno, que abandonaron 50 fusiles, 5.000 cartuchos y 16 caballos. En Adrogué fue tomada la comisaría sin mayor resistencia; en Valentín Alsina, donde actuaba José Camilo Crotto, se formó un batallón numeroso que se sumó a la concentración de Temperley. El 10 de agosto, el jefe de esa concentración hizo un llamamiento convocando a la guardia nacional; la convocatoria estaba firmada por Alvear, Saguier, Francisco Wright, Juan A. Senillosa y Dionisio Pardo.
Esta vez fue Pellegrini quien se encargó de volver la historia a su cauce y con su arrolladora actividad y su "gran muñeca" forzó a que el Congreso interviniera Buenos Aires y persuadió al presidente de que apartara a Aristóbulo del Valle, el cual renunció el 12 de agosto para ser reemplazado por el mitrista Manuel Quintana.
Juan Carlos Belgrano, a cargo del gobierno revolucionario de Buenos Aires ya que Yrigoyen se había negado a aceptar este puesto. Belgrano tuvo que desarmar sus milicias, aunque todavía con alguna resistencia. Pero esta derrota no apagó otros estallidos: el 14 de agosto estalla un nuevo movimiento en Corrientes, predominantemente mitrista, pero con apoyo radical; el 7 de septiembre el gobierno de Tucumán es derrocado por los radicales locales, y el 24 del mismo mes estalla una segunda insurrección en Santa Fe, acompañada esta vez por la sublevación del acorazado Los Andes y dos torpederos. Y el propio Alem es aclamado en Rosario como "presidente provisional de la Nación".
Hacia fines de septiembre los levantamientos corren como reguero de pólvora, y el país entero parece a punto de incendiarse.
Pero en 1893 había que contar con una realidad que tres años antes no existía: la lealtad del Ejército al gobierno nacional. Roca es designado jefe de las fuerzas que van a reprimir a los revoltosos, y una vez más salva el orden con esa mezcla de astucia y diligencia que lo caracterizó siempre.
El general Bosch, que acompañado por Pellegrini acaba de derrotar a sangre y fuego la revolución de Tucumán, baja en ferrocarril al Litoral y vence a las fuerzas de Candioti en Santa Fe.
Luego se dirige a Rosario para terminar con los restos del movimiento.
El 1° de octubre Roca entra triunfante en la segunda ciudad de la República. Detienen a Alem y a los principales jefes radicales. La revolución ha sido derrotada.
Aristóbulo del Valle en su tarea como ministro reconoció a los gobiernos surgidos de estas revoluciones, y con ello favoreció movimientos similares en el resto de las provincias, pero los hombres del régimen no podían tolerar tanta audacia ya que en un principio habían aceptado a Aristóbulo del Valle como la posibilidad de un entendimiento con los insurrectos y ahora veían arrasado el principio de autoridad y contemplaban, aterrados, la caída de los bastiones de su poder. ¡Como ensayo, ya estaba bien! Fue el ex presidente Carlos Pellegrini quien se encargó de volver la historia a su cauce y con su arrolladora actividad y su "gran muñeca" forzó a que el Congreso interviniera Buenos Aires y persuadió al presidente de que apartara a Aristóbulo del Valle, el cual renunció el 12 de agosto para ser reemplazado por el mitrista Manuel Quintana. 
Lisandro de la Torre intervino en la organización del plan para ocupar la ciudad. Un manifiesto firmado por los dirigentes de la Unión Cívica Radical, Joaquín Lejarza, Agustín E. Landó y B. Sívori, decía: "Alzamos las armas y convocamos al pueblo de la provincia a reunirse a la sombra de esta bandera revolucionaria, para derrocar los poderes que usurpan la autoridad del gobierno que la Constitución ha creado; para reabrir en libertad los comicios que la violencia y el fraude han cerrado; para devolver a la justicia la pureza y la majestad perdidas; para que la honestidad reaparezca en el manejo de los dineros públicos y se castigue a los que hayan delinquido con ellos; y para que todos los derechos y todas las garantías que consagran nuestras leyes fundamentales sean respetados".
El ataque a la jefatura de policía de Rosario había fracasado; las municiones escaseaban. El levantamiento rosarino repercute en otros departamentos, pero sólo Rosario puede decidir el triunfo de los radicales; las principales comisarías han caído, más la jefatura se mantiene en espera de refuerzos de Casilda. No hay más remedio que decidirse al ataque frontal contra el baluarte y Lisandro de la Torre lo prepara, algunos días antes había recibido en Zárate una provisión de bombas Orsini proporcionadas por unos oficiales del arsenal que estaban comprometidos.
Lisandro de la Torre dirigio el movimiento en Rosario , Lisandro y sus hombres armados con bombas y fusiles aportados por oficiales radicales de Zárate, tomaron la Jefatura de Policía y lograron que la ciudad cayera en manos de los rebeldes. La rebelión se extendió a Santa Fe, donde el lugarteniente de De la Torre, Mariano Candioti, al frente de unos 300 hombres tomó los principales edificios del gobierno provincial expulsando a tiros a los roquistas y asumiendo el 30 de julio de 1893 como gobernador de la provincia.
Con ellas dejó fuera de combate a los defensores de la puerta principal y los grupos insurgentes penetraron en el edificio.
Las tropas gubernamentales fueron, sorprendidas por la espalda, deponen la resistencia. Cien muertos y trescientos heridos fue el saldo de la jornada sangrienta. Rosario cayó en manos de los revolucionarios y la junta radical se dedicó a organizar la ciudad.
Se dispuso el envío por tren de una columna de 300 hombres al mando de Mariano Candioti y Lisandro de la Torre hacia Santa Fe para deponer a sus autoridades. Tropezó la pequeña fuerza revolucionaria con tropas del gobierno a la altura de San Eugenio, que se desbandaron. Cuando llegaron a Santa Fe, el 19 de agosto, la ciudad los recibió jubilosa. Se constituyó un gobierno radical provisorio, con Mariano Candioti como gobernador; Agustín Landó, como vice; Martín Rodríguez Galisteo, como ministro de gobierno; Joaquín Lejarza, en hacienda; Lisandro de la Torre, en justicia.
La revolución había triunfado en Buenos Aires, en Santa Fe y en San Luis.
Leandro Alem llegó a Rosario oculto en un bote , algunas unidades de la flota, el acorazado Andes, al mando del teniente de fragata Gerardo Valotta, con la cooperación de A. Encina, F. Borges, C. Finochietto y otros, se insubordinaron y se dirigieron a Rosario llevando en sus bodegas llevaba 7.000 fusiles y 860.000 cartuchos, que fueron repartidos entre los milicianos.
Mariano Candioti tomo la ciudad de Santa Fe el 3 de agosto de 1893, esto obligo al vicegobernador José Gollán a presentar su renuncia. El gobernador Cafferata lo había hecho antes. La revolución radical había triunfando. De inmediato asumió el gobierno Mariano Candioti, llamado de los veintiún días, porque ése es el tiempo que duró. Lo secundaron Agustín Landó como vicegobernador, Joaquín Lejarza como Ministro de Hacienda, y Lisandro de la Torre en el Ministerio de Justicia, Instrucción Pública y Agricultura.
Pero el Andes es atacado por el acorazado Independencia y el torpedero Espora y fue desmantelado después de una reñida resistencia.
El doctor Alem fue detenido y procesado en Rosario por rebelión, se solicitó la excarcelación bajo fianza y el juez la concedió, pero la policía rosarina no acató el mandato judicial, porque había recibido orden del nuevo ministro Manuel Quintana de arrestar a Alem en virtud de las facultades que tenía el presidente de la República durante el estado de sitio.
Invocó el detenido sus inmunidades de senador nacional y el asunto pasó a la Corte Suprema, la cual declaró por unanimidad que el estado de sitio no confería al poder ejecutivo la facultad de arrestar a los miembros del Congreso y mandó poner en libertad al detenido, pero tampoco se cumplió con la resolución de la Corte.
El levantamiento de Tucumán fue sofocado por las tropas nacionales al mando del general Bosch y los vencedores se dirigieron a Rosario conjuntamente con otras fuerzas. Alem comprendió que el movimiento había fracasado, se entregó y asumió toda la responsabilidad de la insurrección.
Las defensas del gobierno fueron derrotadas una a una y tomadas varias comisarías, la Junta de Rosario, instalada en el Hotel Universal, decidió el ataque final de las guerrillas radicales al palacio municipal, que fue tomada en una acción combinada en la cual se destacó, particularmente, un grupo de italianos con bombas Orsini liderado por De la Torre. Un dato a tener en cuenta de los acontecimientos de la revolución en Rosario, es que un piquete del 3° batallón del Ejército de Línea que se encontraba destacado en la ciudad no intervino en absoluto, lo cual podría explicarse por órdenes del Ministerio de Guerra a cargo de Del Valle
Comenzó una honda crisis en la Unión Cívica Radical. Alem se sintió deprimido e hizo en 1896 una profecía: "Los radicales conservadores se irán con don Bernardo (Irigoyen) ; otros radicales se harán socialistas o anarquistas; la canalla de Buenos Aires, dirigida por el pérfido traidor de mi sobrino Hipólito, se irá con Roque Sáenz Peña; y los intransigentes nos iremos"...
Al año siguiente, en 1897, Lisandro de la Torre se apartó del radicalismo, y reveló la influencia absoluta que en él ejercía Yrigoyen: "El partido radical, desde su origen, ha tenido en su seno una influencia hostil y perturbadora que ha trabado su marcha, que ha desviado sus mejores propósitos y que ha convertido toda acción patriótica en un debate mezquino de rencores y ambiciones personales. Ha sido esta influencia la del señor Hipólito Yrigoyen, influencia perseverante y oculta, que ha operado, lo mismo antes que después de la muerte del doctor Alem, influencia negativa pero terrible que hizo abortar los planes revolucionarios de 1892 y 1893 y que destruye en estos instantes la gran política de coalición, anteponiendo a las conveniencias del país y a los anhelos del partido, sentimientos pequeños e inconfesables"...
Por entonces, Lisandro de la Torre propiciaba un nuevo acuerdo con los mitristas, e Yrigoyen renovó su tesis de intransigencia. De ese modo fue posible a Roca llegar por segunda vez a la presidencia.
El general Francisco Bosch en 1893 fue designado Interventor Nacional en la provincia de Buenos Aires, recordándose entre los testigos de los sucesos de aquel año, que para desalojar a los revolucionarios en La Plata, al iniciarse el fuego contra ellos, le fue muerto a su lado el trompa de órdenes llamado Alejandro Espíndola y que ostentaba jinetas de sargento. Sofocado el movimiento, Bosch fue nombrado jefe de la 2ª División del Ejército, marchando a los pocos días a Tucumán a reprimir la sublevación del Regimiento 11º de Línea.