En medio de esta infernal situación de 1816, Pueyrredón tenía que pensar en cómo equipar el Ejército de los Andes y atender los continuos pedidos que le hacía San Martín desde Mendoza con ese objeto.
Abastecer de armas, víveres e implementos a ese ejército constituyó una empresa épica que hoy resulta inaudita, si se toman en consideración los precarios medios de la época y la anarquía y pobreza del país. Como los prestamistas británicos no querían arriesgar dinero en empréstitos, Pueyrredón gravó a los comerciantes españoles de Buenos Aires y logró 87.000 pesos; pero esto no alcanzaba, y entonces concretó empréstitos forzosos entre los co-merciantes de plaza: varios, por 200.000 pesos, y en abril de 1818 otro por 500.000 pesos. Los acaudalados comerciantes Lezica prestaron varias veces importantes sumas.
También Belgrano pedía armas y víveres para el Ejército del Norte. Pero San Martín era el que más apuraba a Pueyrredón en demanda de dinero, vituallas y armamentos. El Director le escribió:
«Van todos los vestuarios pedidos y muchas más camisas. Van 400 recados. Van los dos únicos clarines que se han encontrado. Van 200 tiendas de campaña o pabellones. Va el demonio, va el mundo, va la carne. Y no sé como me irá con las trampas en que quedo para pagarlo todo... y c...1 no me vuelva usted a pedir más, si no quiere recibir la noticia que he amanecido ahorcado de un tirante de la fortaleza».
Así, con esta fuerte expresión, se dirigió Pueyrredón a su camarada de armas, quien, en la lejana Mendoza, se preparaba a cruzar la Cordillera para continuar su campaña libertadora. Para las campañas de Chile y Perú, Pueyrredón remitió a San Martín más de quince mil fusiles con bayoneta y más de un millón de cartuchos para fusil. La pólvora se elaboraba en Mendoza y los fusiles eran importados, en su mayor parte de los Estados Unidos, al costo de mil pesos cada uno.
San Martín necesitaba de todo para su campaña de los Andes y una de las “víctimas” de sus pedidos era el Director Supremo, Juan Martín de Pueyrredón, que así le contestaba a uno de sus pedidos en noviembre de 1816: “Van los 200 sables de repuesto que me pidió. Van las 200 tiendas de campaña, y no hay más. Va el mundo, va el demonio, va la carne. Y yo no sé cómo me irá con las trampas en que quedo para pagarlo todo, a bien que, en quebranto me voy yo también para que usted me dé algo del charqui que le mando, y ¡carajo! No me vuelva usted a pedir más, si no quiere recibir la noticia de que he amanecido ahorcado en un tirante de la Fortaleza”.
El 10 de agosto de 1816, Pueyrredón tomó medidas para reorganizar las fuerzas armadas e incorporar a los militares que estaban en Buenos Aires y en otras ciudades al Ejército de los Andes. El 17 de agosto prohibió por decreto la venta indiscriminada de bebidas alcohólicas, y el 24, los juegos de envite en los garitos donde concurrían militares desocupados y tahúres que despojaban a los incautos. El 10 de septiembre exhortó en una proclama a la unión de todos los argentinos y reprimió severamente el contrabando. Los días 13, 14 y 15 de septiembre celebró con pompa la declaración de la independencia.
El Congreso le otorgó el 17 de agosto el grado de brigadier general. También mandó reclutar a los negros esclavos para la infantería del Ejército de los Andes, como ya lo había hecho San Martín en Mendoza. Dado que estos esclavos quedaban libres después de prestar el servicio militar, sus propietarios pusieron el grito en el cielo y hubo que adoptar serias medidas para dar cumplimiento a esta leva. Su tiempo no le alcanzaba y tuvo que limitar las audiencias públicas diarias a los martes y jueves, desde las 10 de la mañana.
La población negra del Río de la Plata que fuera sometida a la esclavitud durante la época colonial, se adhirió en forma masiva al ejercito de los andes y a la causa de la independencia