Relieve

El relieve sanjuanino es abrupto; tiene montañas muy altas, que ocupan casi el 8o% del área de la provincia. En el este predomina la presencia de bloques sueltos, pertenecientes al sistema de las sierras pampeanas, que alternan con zonas llanas y muy áridas. El clima y el relieve permiten que la erosión del viento excave y modele paisajes característicos como la pampa del Leoncito, una planicie arcillosa con suelo quebradizo; el valle de la Luna, con estratos formados por arcilla y cenizas volcánicas de más de 200 millones de años; y las barrancas coloradas, que deben su color al óxido de hierro. Los ríos que proceden de los Andes han labrado valles estrechos, como los de los ríos Jáchal y San Juan. La cordillera occidental, también llamada del geosinclinal, se ubica hacia el oeste y actúa como divisoria de aguas y como límite internacional con la República de Chile.

En la provincia de San Juan por el oeste discurre la Cordillera de los Andes, que comprende tres secciones:

• La Cordillera Principal u Occidental
• La Cordillera Frontal u Oriental
  
• La Precordillera
  

La Cordillera Principal u Occidental

La cordillera Principal o cordillera del Límite es una cadena montañosa del sistema andino donde se encuentran las más grandes alturas del continente, entre ellas, el cerro Aconcagua (9.962 msnm) en Mendoza, el monte Pissis (6.882 msnm) en La Rioja, el nevado Ojos del Salado (6.894 msnm) en Catamarca, el cerro Bonete Chico (6.850 msnm) en La Rioja, el cerro Tupungato (6.800 msnm) en Mendoza, el cerro Mercedario (6.770 msnm) en San Juan, entre otros. Su altura disminuye en sentido norte-sur. este o esta generando una estructura desarrollada a expensas del apilamiento tectónico de sedimentitas y volcanitas mesozoicas, realizada durante el período de la orogénea andina. En cuanto al aspecto geomórfico de la Cordillera Principal es consecuencia de un ciclo erosivo de edad pleistocénica relacionado con un ascenso neotectónico, provocando el rejuvenecimiento del terreno. Esta parte es la, divisoria de aguas y límite con Chile, presenta nieves eternas a partir de los 5.500 msnm y pasos cordilleranos solo transitables en verano. 

La Cordillera Frontal u Oriental

La Cordillera Frontal es un sistema montañoso del oeste de la Argentina, a partir de los 28° 20'S.
Se sitúa en el oeste de las provincias de La Rioja, San Juan, y Mendoza, es una unidad antigua rejuvenecida por efectos de la orogenia andina. Desde el punto de vista geológico existen grandes diferencias entre ésta y la Cordillera Principal —paralela al occidente de aquella—, la cual es la portadora del límite internacional por poseer la línea continua que hace la divisoria oceánica de aguas. El cerro Mercedario, de 6770 msnm, es un elemento orográfico intermedio de ambas cordilleras. La cordillera Frontal está formada por cordones, independientes, altos, y en bloques elevados, sin una orientación definida. Los principales son (de Norte a Sur): San Guillermo, Colanguil, Ansilta, del Tigre, y del Plata. Los ríos descienden por las profundas gargantas salvando fuertes desniveles. La sequedad del ambiente lleva al límite de las nieves permanentes por encima de los 5000 msnm.

Esta sección es menos elevada que la Cordillera Principal y está compuesta por numerosos cordones independientes como el de San Guillermo, el de Colangüil y el de Ansilta. Esta masa montañosa del oeste de la provincia contiene glaciares y nieves de invierno que facilitan la acumulación de activos hidrológicos; esa masa acumulada se recupera a través de una densa red hídrica caracterizada por caudales irregulares (primavera y verano) que se desprenden hacia las zonas bajas y se concentran en valles y oasis pedemontanos.

La Precordillera,

La Precordillera, separada de la Cordillera Frontal por los Valles Altos (Llanos de San Guillermo, Valle de Iglesia, Pampa de los Avestruces, Valle de Calingasta y Pampa del Leoncito), constituye una barrera que solo los ríos Jáchal y San Juan logran atravesar. Comprende varios cordones discontinuos con alturas mayores a los 4.000 metros de altura entre los que se destacan las sierras de la Punilla, del Volcán, Negra, de la Invernada y la del Tontal. La zona de la precordillera es uno de los lugares del país con mayor frecuencia de movimientos sísmicos.
La precordillera atraviesa la provincia de norte a sur. El resto del territorio está ocupado por los cordones de las sierras pampeanas y sus valles. Los valles más importantes son los del río Jáchal al norte; Bermejo, al este, y del San Juan, al sur. El suelo es árido y desértico, excepto en los fondos de los valles.

Hacia el este de la Precordillera se encuentran los Valles Bajos (Jáchal, Ullum, Zonda y Tulúm, todos convertidos en grandes oasis irrigados por ríos permanentes de escaso caudal, causa por el cual deben ser embalsados para la construcción de canales en forma artificial), separados de las Travesías Cuyanas por cordones serranos aislados como las sierras Chica de Zonda, de Marquesado, de Villicum y de Mogna, entre otras.
Al este de la provincia se encuentran las denominadas Travesías Cuyanas, vastos llanos casi sin agua superficial y con arenales solo interrumpidos por vegetación xerófila. Son depresiones geológicas rellenadas con los sedimentos provenientes de los Andes, atravesadas por los ríos Bermejo, Jáchal y San Juan y en los que emergen cordones serranos aislados pertenecientes al sistema de las Sierras Pampeanas: las sierras del Valle Fértil, de la Huerta y de Pie de Palo

Los ríos sanjuaninos

Dos ríos poseen caudales considerables, y son entonces un factor importante para la economía y el asentamiento humano:

• Río Jáchal
• Río San Juan .

Dependiendo de sus aguas se han desarrollado zonas ricas y productivas, que usan el sistema de riego artificial. La energía hidroeléctrica generada por los embalses de los ríos principales de la provincia asciende a más del 70 % del consumo total de San Juan.

Río Jáchal

El río Jáchal es un curso de agua permanente que recorre primero de oeste a este y luego en dirección sureste en el departamento del mismo nombre, en el centro norte de la provincia de San Juan, Argentina. Es parte de la cuenca hidrográfica del Desaguadero, y uno de los más importantes cursos de agua en la provincia, con un caudal promedio de 9 m³/s.
De su naciente, el Jáchal discurre hacia el sur durante unos 75 km, por un cañón en la Precordillera, en la Cuesta del Viento. Gira al este hacia la ciudad de San José de Jáchal, yendo por 40 km a lo largo de un profundo cañón. Pasado Jáchal, el río va hacia el sur por 40 km, y luego toma el rumbo noreste-sudeste, pasando por las localidades de Tucunuco y Mogna. Sigue 100 km y desemboca en el río Desaguadero superior (conocido allí como Bermejo).

El río Jáchal se alimenta primariamente por deshielo, la lluvia es una contribución menor de esta región semiárida. Su cuenca cubre 34.232 km², donde 23.000 km² son por arriba de la Cuesta del Viento. Nace en la confluencia del arroyo Iglesia y del río Blanco, interrumpido por el Embalse Cuesta del Viento en el noroeste de San Juan.

Río San Juan

La cuenca del río San Juan, es la principal fuente de recursos hídricos de la provincia, se localiza en el sector centrosudoccidental traspasando el límite interprovincial y abarcando un pequeño sector del norte de Mendoza. Posee una superficie aproximada de 38.462 km², ocupa el alrededor del 45 % de la superficie de la provincia de San Juan.25​ El río San Juan, principal fuente de agua superficial de la cuenca, escurre de oeste a este y nace en confluencia de los ríos Castaño, por el norte, y Los Patos, por el sur; que drena un extenso frente cordillerano comprendido entre los 30º30’S y los 30º40’S.
Esta cuenca irriga la mayor superficie de hectáreas útiles: casi el 75 % en el Valle del Tulúm (área de influencia del Gran San Juan), 4.5 % en el valle de Calingasta y 3.5 % en Ullúm-Zonda.

Los recursos hídricos subterráneos del territorio sanjuanino, que al emplazarse en una zona montañosa influida por el tectonismo andino, la mayor parte se localizan en acuíferos que se localizan en valles, formando cuencas de agua subterránea. Estas cuencas se hallan separadas por cadenas montañosas integradas casi totalmente por rocas consolidadas, impermeables, de permeabilidad muy baja y alta, a las que se denomina "basamento" de la cuenca. La mayoría de las cuencas de agua subterránea de la provincia se han formado donde existen acumulaciones extensas de sedimentos cuaternarios con intervalos permeables.
En el extremo sudeste, están la lagunas de Guanacache (o de Huanacache), donde desemboca el río San Juan, uno de los recursos hídricos más importantes de la región geográfica de Cuyo por su riqueza en flora y fauna.

El río San Juan es un curso de agua permanente, producto del deshielo de la Cordillera de los Andes. Es el río más importante de la provincia de San Juan, y se localiza en el área norte de la misma, y en el centro oeste de Argentina. l San Juan abastece al Gran San Juan, el décimo centro urbano más importante de Argentina que posee cerca de medio millón de habitantes. Además es el encargado de regar mediante obras de embalsado y canalización a los oasis agrícolas emplazados en los Valles de Tulum, Ullum y Zonda.

Origina los sistemas de ejes cartesianos de los departamentos Ullum, Zonda, Albardón, Angaco, San Martín, Caucete, 25 de mayo y Sarmiento. Posibilitando el desarrollo de una agricultura intensiva, con plantaciones, principalmente de vid, que caracteriza a la región. Es también el río más importante de la región de Cuyo y la cuenca del río Desaguadero/río Colorado que desembocan en el Mar Argentino

Lagunas de Guanacache

Las lagunas de Guanacache o Huanacache conocidas también (desde el s. XX) como Bañados de Guanacache, se ubican en el noreste de la provincia de Mendoza, al sudeste de la provincia de San Juan, y al noroeste de la provincia de San Luis, en el centro de la región argentina denominada Cuyo.
Este sistema palustre se ubica encuadrado entre las coordenadas 32º y 32º 38' S/ 68º 33' 36 a 68º 42' 20 Ó, el centro de esta cuenca casi desecada durante el siglo XX se ubica aproximadamente en las coordenadas 32°16′00″S 67°22′00″O (en las fotos satelitales de color verdadero las zonas más blanquecinas indican el área máxima cubierta por las aguas durante el siglo XIX); siendo su actual remanente permanente la laguna Silverio en la zona limítrofe entre la Provincia de Mendoza y la Provincia de San Luis.

El de las lagunas de Guanacache corresponde a un sistema hidrológico exorreico, de lagunas y de bañados encadenados, alimentados por los ríos Mendoza y San Juan y, antiguamente, los desagües del Bermejo, que descarga por el río Desagüadero. En el pasado los bañados estuvieron habitados por la parcialidad del pueblo huarpe (llamado lagunera), los integrantes de este pueblo navegaban el extenso sistema de lagunas con embarcaciones semejantes a los "caballitos de totora" que usan los uru en el Lago Titicaca.
Originalmente eran en total 25 lagunas intercomunicadas y con abundantes islas, estas lagunas se encontraban rodeadas de tierra fértil y abarcaban un área de unos 2500 km², desde fines de s. XIX y en la actualidad debido a la sobreexplotación de las aguas de los ríos Desaguadero, Mendoza y San Juan se han ido secando, apareciendo sólo en temporadas de grandes deshielos que acrecientan el caudal de los ríos que la alimentan.