A principios del siglo XVII llegó a Buenos Aires procedente del Perú, don Mateo Leal de Ayala, quien adquirió una extensa propiedad de 500 varas en esta zona perteneciente al por entonces denominado Pago de la Matanza.

En 1790, luego de varios propietarios, don Juan Diego Flores era el dueño de la mayor parte del primitivo predio. Fue su heredero, don Ramón Francisco Flores, quien junto con su apoderado y amigo Antonio Millán, cristalizó el nacimiento del pueblo cuyo nombre ya se había generalizado designándoselo como las tierras de Flores. En 1806 sus propietarios donaron una manzana para la iglesia, reservándose otros predios para la plaza y demás dependencias públicas. Las tierras restantes fueron fraccionadas en manzanas de dieciséis lotes, iniciándose las ventas en 1808.

El nombre del pueblo ya había quedado oficializado en 1806 al crearse el curato de San José de Flores, cuyo pueblo nacía a ambos lados del Camino Real (actualmente avenida Rivadavia), recorrido obligatorio para quienes viajaban hacia el oeste. Cuatro años más tarde surgirá el partido de San José de Flores. 

En la iglesia del lugar se realizaron los funerales de Manuel Dorrego y en la plaza del pueblo se fusilaban, en pelotones, a los opositores de Rosas. 

En cuanto a la plaza de Flores cabe señalar que siempre ocupó el lugar que se le reservara en el primitivo plano, utilizándose en reiteradas oportunidades para efectuar ejecuciones de personas condenadas por la justicia a la pena capital. Su primer nombre fue "14 de Julio", luego se denominó "San José" y finalmente recibió el nombre de "General Pueyrredón" que conserva hasta la fecha, aunque no consiga desplazar la popular denominación de Plaza Flores. Esta  plaza fue un terreno baldío hasta que en la época de Rosas se construyeron los primeros jardines y se plantaron numerosos árboles, hasta adquirir el aspecto de paseo público que aún mantiene.
El barrio tuvo desde sus comienzos su propio cementerio, el cual por encontrarse en una zona céntrica debió ser posteriormente trasladado y finalmente en 1871 se inauguró el actual.
Fue muy famoso por sus quintas enormes, generalmente usadas en temporada estival, pero sobre todo por la personalidad de sus ocupantes, así pues, el mismo Juan Manuel de Rosas tenía su establecimiento de campo cerca de Flores, además era asiduo visitante de la quinta de los Terrero, socio, compadre y a veces, su apoderado judicial. La quinta de Terrero estaba ubicada en lo que actualmente es la avenida Rivadavia 6440. Se hacían allí grandes fiestas y reuniones políticas. Es en el portón de esa quinta dónde Manuelita Rosas despidió a su Máximo, cuando éste partía a la batalla de Caseros, como ayudante de su padre, ocasión en que le obsequió su pañuelo, bordado por ella misma y que hoy se conserva en el Museo Histórico Nacional.
Hasta el Gral. Urquiza instaló en el barrio su casa quinta después de Caseros, a la que llamó Palacio San José. Se ubicaba entre la calle de la Federación (hoy Av. Rivadavia) y Carabobo. En esa casa fue donde Urquiza, promulgó la Ley Fundamental y la mandó imprimir.
En 1857 se inauguró la primera línea de ferrocarril que iba desde la actual Plaza Lavalle hasta La Floresta.
Allí se juró y comunicó a todo el país. En ese mismo lugar se firmó el Pacto de Unidad Nacional en noviembre de 1859, en el que se reintegra la provincia de Buenos Aires a la Confederación.
Se podrían enumerar cientos de quintas de personajes importantes, pero vamos a limitarnos por ahora solamente a la del inglés Eduardo Mulhall, llamada "Lambaré", en  homenaje al cacique del mismo nombre.
Dicen que su dueño era un personaje muy querido y elegante, vestido siempre de levita y portando galera de copa gris, de tan buenos modales que lo llamaban "el inglés bueno". Sus jardines eran especialmente reconfortantes por el perfume de los eucaliptus, y pinos que actuaban como un sedante que invitaba a la meditación, Entre otros, fue muy visitada por su vecino, el Gral. Roca, quien gozaba de los jardines y de la companía del inglés, matizando sus encuentros con el juego de ajedrez.

La construcción de la actual iglesia se inició en 1879, época para la cual el viejo edificio construído durante el gobierno de Rosas se encontraba en peligroso estado. El nuevo templo se inauguró el 18 de febrero de 1883.

En 1887, Flores y su partido fueron anexados junto a Belgrano a los límites de la Capital Federal. Desde ese momento el pueblo pasó a ser uno de los más importantes barrios de Buenos Aires, constituyéndose con el paso de los años en el núcleo social y comercial de todo el oeste porteño