Nació en Porongos, actual Trinidad). Presidente del Uruguay.
Militar y político uruguayo participó en los asuntos argentinos en las décadas de 1850 y 1860. 
En 1836 se unió al movimiento de José Fructuoso Rivera contra Manuel Oribe.
Ejerció la presidencia de Uruguay desde 1854 hasta 1855, posteriormente fue derrocado por Flores, que era apoyado por los colorados el partido político blanco.
Huyó a través del río Uruguay hacia Entre Ríos y posteriormente a Buenos Aires, donde ofreció al gobierno de esa provincia sus formidables servicios militares.
Luchó en Cepeda y nuevamente en Pavón, bajo las órdenes de Mitre; la derrota que infligió al general Cayetano Laprida en Cañada de Gómez el 22 de noviembre de 1861, destruyó el poder militar de la Confederación y abrió el camino para la reorganización de la Nación bajo el liderazgo bonaerense y de Mitre; la asistencia que proporcionó a Flores para que regresara al Uruguay en un intento de recuperar el poder, ocasionó al presidente Mitre una considerable oposición por parte de las provincias del interior, que protestaron por ser ella contraria a la declarada neutralidad de la Argentina.
Flores también recibió ayuda del Brasil.
Francisco Solano López, presidente de Paraguay, protestó contra el entrometimiento de la Argentina y Brasil en el Uruguay, dio como resultado la Guerra del Paraguay, o Guerra de la Triple Alianza; Flores comandó a las fuerzas uruguayas en el ejército aliado que dirigió Mitre; finalmente, cuando regresaba al Uruguay, en 1868 murió asesinado en las calles de Montevideo